Desmond Miles est forcé de revivre les souvenirs ( et par conséquent les actions) de l’un de ses ancêtres, Altaïr Ibn La-Ahad, en utilisant une machine complexe qui décode la mémoire génétique, l’Animus. Ces souvenirs sont nécessaires à la société Abstergo pour que celle-ci mène à bien un projet scientifique secret. Desmon se trouve donc synchronisé avec la vie de son ancêtre. Altaïr, membre des Assassins, devait exécuter neuf hommes dans trois villes: Damas, Acre et Jérusalem pour retrouver son statut de "maître assassin", alors qu’il est redescendu au rang de "novice". Après chaque assassinat, Altaïr retrouvait une partie de l’équipement et des capacités qui lui avaient été ôtés suite à sa destitution, lui permettant ainsi de poursuivre ses missions.