L’histoire se déroule six ans après les évènements d’Arena. Mandaté par l’Empereur lui-même, le héros est envoyé vers la Baie d’Illiac, bordée par les Provinces de High Rock et de Hammerfell. Sa mission : enquêter sur la mort de feu Lysandus, roi de Daggerfall, qui hante les rues de la capitale depuis qu’il a perdu la vie lors de la Guerre de Betony. Le joueur doit également retrouver une mystérieuse lettre que l’Empereur avait envoyé à l’un de ses agents infiltrés à la cour de Daggerfall, et qui s’est semble-t-il perdue en cours de route. Une seconde mission apparemment anodine qui cache en fait une gigantesque lutte d’influence pour la possession d’un antique artefact dwemer qui pourrait bien décider de l’avenir de l’Empire tout entier.